營運階段的風險分為可控制的風險和不可控制的風險兩種，可控制的風險是由于企業管理欠缺等原因造成的物流服務中出現的問題；而不可控制的風險是指由于意外事故或者不可抗力等原因造成的無法預料的風險，我們只對可控制競爭的風險進行分析。營運階段從物流項目投產，可以提供服務開始算起，到整個物流服務合同終止的整個階段，這個階段是物流項目投資成敗的關鍵階段。物流企業在為客戶提供物流服務過程涉及很多環節，任何一個環節出現差錯都會直接影響整個物流系統的順利運行，該階段的風險主要表現在以下幾個方面：

　　（1）客戶方的原因帶來的風險

　　在物流項目營運過程中，物流服務費用的獲取是物流企業收入的惟一來源，因此物流項目開展過程中，客戶信譽和經營狀況直接影響到項目的經濟風險。如果客戶中途取消合同或者客戶企業便裝，為該客戶進行專業化物流服務的前期投入不能及時收回，將給企業帶來巨大經濟損失。

　　（2）硬件設備的原因帶來的風險

　　在物流服務過程中，完善的硬件設備是物流企業提供高效率、低成本的物流服務的前提。在企業運營過程中，除了會出現一些經常發生的設備故障而帶來的風險外，還會出現一些經學發生的設備故障而不嚴的風險外，還會出現一些事先難以預料的事情，這些風險構成營運過程中的重要風險。

　　（3）管理人員的原因帶來的風險

　　在整個物流系統的運作過程中，各個平靜地之間的銜接都　在依靠物流企業的管理員進行協調，如果管理人員在工作中存在疏忽和失職，會導致服務率的降低，甚至會出現造成生命、財產等重大損失的事故。這種風險在物流項目實施過程中產生的影響應給予足夠重視，因此對此類風險控制是整個物流系統順利運行的保障。